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응용생물화학부는 생명현상의 기본원리를 생물학적·화학적 측면에서 분석 이해하고 첨단 생물공학기술을 활용하여 생물제어를 통한 식물보호와 안정적인 농업생산제고, 생산물의 부가가치 증진, 생물 상호작용 및 새로운 생리활성물질 탐색, 농업환경개선 등에 관련된 교육과 연구를 수행하고 있다.

농업분야의 생물자원, 환경 및 생태계에 대한 기초과학이론은 물론이고, 최근에 급속히 발전하고 있는 생화학, 분자생물학, 미생물학, 유전학, 환경생물화학 등의 응용분야를 심도잇게 다루어, 다가오는 국제 무한경쟁시대를 맞이하여 우리나라의 농업생산성을 향상시키고 생물자원을 효율적으로 개발하기 위한 연구를 중점적으로 수행하고 있다.

응용생물화학부에서는 국제적 수준의 첨단 연구시설을 이용하여 생화학, 분자생물학, 식물미생물학, 식물병리학, 환경미생물학, 곤충학, 생태학, 농양학, 환경화학, 토양학, 생물공학 등의 주요 연구분야의 실험과 현장교육이 충실하게 이루어지고 있다.